Il Ministro e le Direzioni Generali nello svolgimento dell'attività istituzionale si avvalgono della consulenza di esperti riuniti in organi collegiali che sono costituiti e modificati nella composizione con decreti ministeriali.

Ad eccezione del Consiglio superiore di sanità, cui il decreto legislativo n. 266 del 1993 aveva espressamente attribuito natura di "organo consultivo tecnico" del Ministro descrivendo le funzioni ed indicando i casi nei quali esprime parere obbligatorio, gli altri organi collegiali attualmente operanti presso il Ministero svolgono la funzione consultiva attribuita da leggi speciali a preesistenti organismi ora cessati o da nuove leggi.

Tutti gli organi collegiali preesistenti sono stati riordinati dal Decreto del Presidente della Repubblica n.44 del 2013.

• Consiglio superiore di sanità
• Comitato tecnico sanitario
• Comitato tecnico per la nutrizione e la sanità animale
• Centro nazionale di lotta ed emergenza contro malattie animali
• Comitato nazionale sicurezza alimentare - CNSA
• Commissione Medica d'Appello
• Nucleo di valutazione e verifica degli investimenti pubblici
• Comitato unico di garanzia per le pari opportunità, la valorizzazione del benessere di chi lavora e contro le discriminazioni (CUG)