Il CNSA, attraverso la sezione per la sicurezza alimentare, formula pareri scientifici nelle materie attinenti la valutazione del rischio nella catena alimentare e in particolare nei settori relativi a:
- pericoli biologici
- contaminanti chimici e fisici nella catena alimentare
- additivi alimentari, aromatizzanti, coadiuvanti tecnologici, materiali a contatto con gli alimenti
- prodotti dietetici, alimentazione e allergie
- additivi e sostanze utilizzate nei mangimi
- salute dei vegetali, prodotti fitosanitari e residui
- organismi geneticamente modificati
- salute e benessere degli animali.
I pareri sono validi quando assunti a maggioranza.