La ricerca è attuata attraverso la programmazione triennale dei progetti istituzionali degli organismi di ricerca riconosciuti.
La pianificazione dell'attività di ricerca sanitaria, coerente con l’area di riconoscimento del carattere scientifico di ciascun IRCCS e con l’attività assistenziale svolta, rappresenta la base sulla quale costruire programmi e progetti in accordo con le priorità indicate dal Programma nazionale della Ricerca Sanitaria.
Con il decreto direttoriale dell'8 giugno 2018, registrato alla Corte dei conti il 9 luglio 2018, sono stati approvati gli indirizzi dell'attività di ricerca corrente, per il triennio 2018-2020, degli IRCCS di diritto pubblico e privato, nonché i criteri di ripartizione del finanziamento dell'attività.
Nel periodo 2018-2020 l'attività di ricerca corrente degli Istituti di ricovero e cura a carattere scientifico, nell'ambito delle rispettive aree di riconoscimento, è articolata secondo le linee di ricerca e gli obiettivi indicati nel documento:
Sulla piattaforma dedicata al monitoraggio delle attività di ricerca nell'area pubblica del Workflow della Ricerca è possibile consultare sia l’elenco dei progetti di ricerca corrente sia l’elenco delle pubblicazioni degli IRCCS.
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PNRR, primo bando da 262 milioni di euro per potenziare il sistema della ricerca biomedica in Italia 
