Ricerca corrente e finalizzata
La ricerca sanitaria viene ripartita in due filoni: della ricerca corrente e della ricerca finalizzata.
La ricerca denominata "corrente" è svolta solo dagli IRCCS (Istituti di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico).
La ricerca "finalizzata" viene a sua volta ripartita in: ricerca finalizzata biomedica, e ricerca finalizzata al miglioramento dei servizi sanitari. La ricerca finalizzata viene svolta dall'Istituto superiore di sanità, l'Istituto superiore per la prevenzione e sicurezza del lavoro, gli Istituti zooprofilattici sperimentali.
Un altro filone, infine, è quello delle sperimentazioni nell'area organizzativa e gestionale.

Aree di ricerca
Le aree di ricerca per le quali vengono stanziati finanziamenti sono sia ad indirizzo biomedico che sui servizi sanitari.

Alcuni esempi di aree di ricerca biomedica sono:
    - tumori
    - malattie infettive
    - malattie invalidanti del sistema nervoso
    - asma e malattie allergiche
    - salute della donna
    - sicurezza e salubrità alimentare
    - trapianti d'organo
    - malattie genetiche
    - malattie dell'infanzia
    - diabete e malattie metaboliche.

Le aree di ricerca per i servizi sanitari sono:
    - tutela dei soggetti deboli
    - modalità di erogazione dei servizi
    - programmazione in un contesto di federalismo

I Progetti strategici
Alcuni progetti sono di interesse particolarmente attuale per le materie che trattano. In questi casi i programmi di ricerca devono rispondere al bisogno di conoscenza su materie spesso recenti, e devono concretizzarsi in prodotti o ausilio al Servizio Sanitario Nazionale al fine di migliorare il servizio stesso.

I progetti strategici sono:
    - salute mentale
    - encefalopatie spongiformi
    - malattie infettive
    - malattia di Alzheimer
    - diagnosi per immagini
    - cellule staminali per finalità terapeutiche
    - servizi di assistenza socio-sanitaria per gli anziani