La Direzione generale dell'igiene e della sicurezza alimentare svolge le seguenti funzioni, anche avvalendosi del Comando Carabinieri per la tutela della salute:

• igiene e sicurezza della produzione e commercializzazione degli alimenti, inclusi i prodotti primari;
• piano nazionale integrato, piani di controllo della catena alimentare e indirizzi operativi sui controlli all'importazione di alimenti;
• gestione del rischio nel settore di competenza, gestione del sistema di allerta e gestione delle emergenze nel settore della sicurezza degli alimenti e dei mangimi;
• zoonosi a trasmissione alimentare;
• esercizio delle competenze statali in materia di nutrizione, alimenti per gruppi specifici di popolazione, alimenti addizionati, alimenti funzionali, integratori alimentari, prodotti di erboristeria a uso alimentare, etichettatura nutrizionale, educazione alimentare e nutrizionale;
• aspetti sanitari relativi a tecnologie alimentari e nuovi alimenti, alimenti geneticamente modificati, additivi, enzimi, aromi alimentari, contaminanti biologici, chimici e fisici della catena alimentare, materiali e oggetti destinati a venire a contatto con gli alimenti;
• prodotti fitosanitari e connesse attività di autorizzazione alla produzione, all'immissione in commercio e all'impiego;
• sottoprodotti di origine animale;
• accertamenti, audit e ispezioni nelle materie di competenza;
• organizzazione del sistema di audit per le verifiche dei sistemi di prevenzione concernenti la sicurezza alimentare;
• promozione dell'attività di esportazione e connesse attività di certificazione; igiene e sicurezza degli alimenti destinati all'esportazione;
• coordinamento con i laboratori per il controllo degli alimenti;
• attività operativa nei rapporti con le istituzioni e organismi europei e internazionali;
• cura del contenzioso e affari legali nelle materie di competenza della Direzione generale.

La Direzione generale svolge le proprie funzioni in raccordo con gli uffici periferici di sanità (UVAC-PCF) e cura la promozione e il coordinamento delle attività di ricerca e sperimentazione nel settore alimentare.

La Direzione generale è articolata nei seguenti uffici di livello dirigenziale non generale: