Il Decreto del Presidente della Repubblica 7/12/2000, n. 435, prevede all'art. 2 comma 1 lettera c), le seguenti competenze per la Direzione Generale:

• ricerca sanitaria, ivi compresi i programmi di sperimentazione aventi ad oggetto nuovi modelli gestionali di collaborazione tra le strutture del Servizio sanitario nazionale e soggetti privati
• funzionamento della Commissione nazionale per la ricerca sanitaria
• vigilanza sull'Istituto superiore della sanita', sull'Istituto superiore per la prevenzione e la sicurezza del lavoro, sull'Agenzia dei servizi sanitari regionali, sugli Istituti di ricovero e cura a carattere scientifico, sulla Croce rossa italiana, sulla Lega italiana per la lotta contro i tumori e sull'Istituto italiano di medicina sociale
• linee-guida in materia di medicina dello sport