La  Direzione generale della ricerca e dell'innovazione in sanità svolge le seguenti funzioni:

• Promozione, sviluppo, monitoraggio e valutazione di impatto della ricerca scientifica e tecnologica nel campo biomedico e dei processi sperimentali per l'innovazione
• Finanziamento e cofinanziamento pubblico-privato della ricerca in sanità'
• Misurazione e valutazione dell'efficacia ed efficienza degli investimenti per la ricerca e l'innovazione in sanità
• Aggiornamento dell'anagrafe dei programmi di ricerca sanitaria e dei ricercatori, nonchè dell'elenco dei revisori internazionali con valutazione di performance degli stessi
• Valorizzazione del ruolo dei ricercatori in sanità
• Attività di segreteria delle sezioni di cui alle lettere c) e d) dell'articolo  4,  comma  1,  del  decreto  del  Presidente  della Repubblica 28 marzo 2013, n. 44 del Comitato tecnico sanitario
• Promozione e supporto alla creazione di reti di eccellenza  di ricerca e di assistenza, anche attraverso l'individuazione di criteri e indicatori internazionalmente riconosciuti e loro inserimento nelle reti nazionali e internazionali di alta specialità e tecnologia
• Promozione, attraverso  le  sezioni  del  Comitato tecnico sanitario e delle reti  di  eccellenza, di  studi che offrano una visione strategica della evoluzione in sanità e delle necessità  di investimento in ricerca scientifica, di programmi  di  innovazione e formazione per la pubblicazione e la diffusione di dati concernenti i risultati degli investimenti nella ricerca in sanità ed  i relativi fabbisogni, in  raccordo con le Direzioni generali di cui  agli articoli 15 e 17 nonché con l'Unità di missione di cui all'articolo 9
• Riconoscimento e conferma degli Istituti di ricovero e cura a carattere scientifico (IRCCS) e gestione delle procedure di selezione dei direttori scientifici
• Promozione e sostegno delle iniziative di ricerca ad alto tasso di innovazione per il SSN e dei processi di trasferimento tecnologico
• Integrazione dell'innovazione tecnologica nei processi sanitari
• Coordinamento, nel campo della ricerca e  dell'innovazione  in sanità, dei rapporti  con  il  Ministero  dell'università  e  della ricerca e con gli altri Ministeri,  le  università  e  gli  enti  di ricerca,  pubblici  e  privati,  nazionali  e  internazionali,  anche nell'ambito di eventuali appositi organismi di coordinamento
• Promozione, coordinamento e partecipazione alle attività di ricerca sanitaria di rilievo e ambito europeo e internazionale, anche mediante partecipazione alle attivita' di organismi internazionali e sovranazionali in materia di ricerca  sanitaria, con sostegno alla creazione di infrastrutture di ricerca, in raccordo con le competenze del  Dipartimento  della  salute  umana,  della  salute animale e dell'ecosistema (One Health), e dei rapporti  internazionali  di  cui all'articolo 18
• Cura del contenzioso e affari legali nelle materie di competenza della Direzione generale.

La Direzione generale è articolata nei seguenti uffici di livello dirigenziale non generale: