Il Capitolo 2 descrive le Autorità competenti per le materie del Piano e le modalità con cui si garantisce il possesso da parte del personale che effettua i controlli ufficiali delle opportune qualifiche e formazione necessaria. Inoltre, descrive le modalità di coordinamento e cooperazione tra Amministrazioni. Una specifica sezione è dedicata ai Laboratori Nazionali di Riferimento.

Descrive la struttura e le competenze delle Autorità centrali, regionali e locali e delle altre Istituzioni coinvolte nelle materie di pertinenza del PNI

Descrive i Laboratori Nazionali di Riferimento ed i Centri di Referenza Nazionali

Descrive le misure che garantiscono una cooperazione effettiva ed efficace ed il coordinamento delle attività nell'ambito di ciascuna Autorità competente e tra le diverse Amministrazioni responsabili per uno stesso settore.
In particolare, tali misure comprendono sia specifici Organismi di coordinamento tra Amministrazioni che Protocolli e Procedure

Descrive le disposizioni adottate per garantire che il personale che effettua i controlli ufficiali possieda le qualifiche, la formazione e le competenze necessarie per effettuare tali controlli in modo efficace