Il Ministero, oltre che in uffici centrali, è articolato in uffici ditribuiti su tutto il territorio che, in relazione alle loro specifiche competenze, svolgono attività di controllo e offrono servizi agli utenti.
Tra i servizi svolti, l'Ufficio centrale di coordinamento degli uffici di sanità marittima, aerea e di frontiera, in collaborazione con questi ultimi, cura la tenuta e revisione degli elenchi dei medici di bordo abilitati e supplenti.
Tutte le sedi del Ministero, degli Uffici Centrali, Periferici e Territoriali esplorabili tramite una mappa.
I Nas dipendono dal Ministero della salute e svolgono attività ispettivo sanitaria e di polizia giudiziaria
L'Organismo indipendente di valutazione della performance istituito con l’art. 14 del D.lgs n. 150 del 2009 ha sostituito il servizio di controllo interno, previsto dal D.lgs n. 286 del 1999.