Il Ministero, oltre che in uffici centrali, è articolato in uffici distribuiti su tutto il territorio che, in relazione alle loro specifiche competenze, svolgono attività di controllo e offrono servizi agli utenti.
Tra i servizi svolti, l'Ufficio centrale di coordinamento degli Uffici di sanità marittima, aerea e di frontiera, in collaborazione con questi ultimi, cura la tenuta e revisione degli elenchi dei medici di bordo abilitati e supplenti.