La Direzione generale si occupa della prevenzione delle malattie e della protezione e promozione della salute, favorendo programmi e campagne di educazione sanitaria e di prevenzione nei confronti delle patologie (infettive e non) di maggior rilievo sociale, con particolare attenzione a:

• condizioni anagrafiche (infanzia, adolescenza, età avanzata, ecc.)
• condizioni di svantaggio sociale (disabilità, invalidità, disturbi mentali, ecc.)
• stili di vita (tossicodipendenze, alcoolismo, tabagismo, ecc.)
• condizioni di vita e di lavoro (incidenti domestici, sicurezza stradale, igiene e sicurezza degli ambienti di lavoro, ecc.)
• condizioni ambientali (tutela delle acque e dell'aria, radioprotezione, campi elettromagnetici, rifiuti, ecc.)

Oltre alle attività descritte, facilmente riconducibili a funzioni proprie dell'igiene classica, la Direzione generale svolge anche compiti di prevenzione in settori oggi di particolare interesse per i cittadini, quali:

• il sangue ed i prodotti emoderivati
• i trapianti d'organo
• le procedure autorizzative concernenti i microorganismi e gli organismi geneticamente modificati

La Direzione generale, infine, attua le necessarie misure di sanità transfrontaliera attraverso il coordinamento degli uffici periferici di sanità marittima, aerea e di frontiera, ai quali è deputato il controllo delle persone, dei beni e dei mezzi che attraversano la frontiera nazionale.

Gli uffici di sanità marittima, aerea e di frontiera sono situati a Milano-Malpensa, Venezia, Trieste, Genova, Bologna, Livorno, Fiumicino, Roma, Pescara, Napoli, Bari, Brindisi, Reggio Calabria, Palermo, Catania, Cagliari.