La sua rilevanza si consolida con la fondamentale legge di unificazione amministrativa del 20 marzo 1865, che, assieme ad un corpo organico di ulteriori norme, influirà in maniera determinante sulla legislazione successiva, con effetti che si snodano attraverso il periodo del Regno d'Italia e perdurano anche nell'ordinamento della Repubblica. Il contributo del Consiglio Superiore della Sanità, guidato da Presidenti di alto valore tecnico-scientifico e civile accompagna l'evoluzione del nostro Paese fino ai giorni nostri.
Oggi, l'organizzazione e il funzionamento del Consiglio Superiore di Sanità sono disciplinati da una apposita Normativa, costituita dal decreto legislativo 30 giugno 1993, n. 266 e dal decreto ministeriale 6 agosto 2003 n.342 che definiscono un assetto coerente con l'evoluzione sociale ed economica intervenuta nel frattempo.
Il Consiglio superiore è presieduto dal Prof. Franco CUCCURULLO coadiuvato dai Vice Presidenti, Prof.ssa Paola MUTI e Prof. Eugenio SANTORO e composto da 50 Componenti di chiara fama tecnico-scientifica nominati dal Ministro e da componenti di diritto, rappresentati dai Dirigenti Generali preposti ai Dipartimenti e Servizi del Ministero della Salute, dal Presidente dell'Istituto Superiore di Sanità, dal Presidente dell'Istituto Superiore per la Prevenzione e la Sicurezza del Lavoro e dal Direttore dell'Agenzia per i Servizi Sanitari Regionali.
Segretario Generale del Consiglio Superiore di Sanità è la Dott.ssa Concetta MIRISOLA. Il Consesso è articolato in cinque sezioni che si occupano delle varie tematiche di natura sanitaria e sociale.